Tujuan umum program akademik adalah memberikan layanan kepada masyarakat luas untuk meningkatkan kualitas hidup melalui penyediaan lembaga pendidikan tinggi yang terkemuka guna menghasilkan lulusan yang berkualitas yang beriman dan bertaqwa kepada Tuhan Yang Maha Esa, kreatif, inovatif untuk menghadapi berbagai tantangan di masa depan, khususnya yang berkaitan dengan bidang keahliannya
Program pendidikan akademik yang diselenggarakan Sekolah Tinggi Ilmu Ekonomi Bongaya Makassar terdiri atas Program Sarjana dan program Pascasarjana.
- Program Sarjana merupakan jenjang pertama program akademik, mempunyai beban studi 145 – 147 sks dijadwalkan sekurang-kurangnya 8 semester dan dapat ditempuh selama-lamanya 14 semester setelah pendidikan menengah.
- Program Pascasarjana, yakni Program Magister. Program Magister merupakan jenjang kedua program akademik, mempunyai beban studi komulatif 36 – 50 sks, dijadwalkan untuk 4 semester dan dapat ditempuh dalam waktu 4 – 10 semester setelah Program Sarjana.
Untuk Program Magister, terdiri dari 2 konsentrasi, yakni Manajemen Sumber Daya Manusia dan Manajemen Keuangan.